Panteon Narodowy
Znajdująca się pod kościołem jednonawowa krypta, częściowo wykuta w skale, ukończona została w 1792 roku. Przebudowana z myślą o pomieszczeniu Grobów Zasłużonych w latach 1876-1880, nakryta jest kolebkowym sklepieniem, z głębokimi niszami pod przęsłami naw bocznych.
W prezbiterium krypty, również nakrytym kolebkowym sklepieniem o obniżonym łuku, oddzielonym od nawy gurtem, wspartym na dwóch parach neoromańskich kolumn, znajduje się neoromański ołtarz wykonany według projektu Tomasza Prylińskiego, a w ścianie głównej naprzeciwko wejścia witraż przedstawiający Matkę Boską Częstochowską, zaprojektowany przez Adama Bunscha.
Zgodnie z życzeniem Jana Długosza, fundatora i dobrodzieja skałecznego klasztoru, pochowano go na Skałce (1480r.), w pobliżu pierwotnego grobu św. Stanisława. W uroczystościach żałobnych tego wybitnego kronikarza i historyka, wreszcie arcybiskupa – nominata lwowskiego, wzięli udział królewscy synowie, przedstawiciele społeczności akademickiej, duchowieństwa etc. Kiedy na terenie zaboru austriackiego zezwolono na celebrowanie patriotycznych uroczystości, organizowano w Krakowie liczne uroczyste pogrzeby zasłużonych Polaków, świętowano narodowe rocznice. Projekt utworzenia Grobów Zasłużonych w krypcie pod kościołem zrodził się w 1876 roku, a jego inicjatorem był profesor Uniwersytetu Jagiellońskiego Józef Łepkowski, który w związku z przypadającą w 1880 roku 400. rocznicą śmierci Jana Długosza, poddał myśl ponownego pogrzebu sławnego dziejopisa.
W 1880 roku, w rok po uroczystościach 800-lecia męczeństwa św. Stanisława, przechowywane dotąd w glinianej urnie szczątki Jana Długosza, złożone zostały do metalowej trumienki i pochowane w odnowionej krypcie. W uroczystościach wzięli udział przedstawiciele władz kościelnych, miejskich, uniwersyteckich, środowisk artystycznych i rzesze ludzi różnych stanów. W 10 lat później wykonano w warsztacie braci Trembeckich okazały sarkofag na trumnę Długosza, według projektu Tomasza Prylińskiego.
Otwarto tym samym na Skałce – jak pisano na łamach popularnego „Czasu” – „palladium dla uczczenia popiołów zasłużonych w Narodzie mężów”. Obok wawelskiego panteonu – z grobami królów, biskupów i bohaterów narodowych, przybyła narodowi nowa krypta – sepulchrum Patriae, mająca mieścić szczątki osób najwybitniejszych w najnowszej historii polskiej kultury.
W październiku 1881 roku, przeniesiono z Cmentarza Rakowickiego na Skałkę prochy zmarłego w 1872 roku znanego poety, profesora geografii UJ i pamiętnikarza – Wincentego Pola oraz zmarłego w 1877 roku Lucjana Siemieńskiego – popularnego naówczas poety, dziennikarza, nade wszystko zaś znakomitego tłumacza arcydzieł literatury antycznej – zwłaszcza Homera i Horacego. Obaj jako uczestnicy Powstania Listopadowego i gorący patrioci uważani byli za bohaterów narodowych.
W 1901 roku gmina miasta Krakowa ufundowała tym pisarzom sarkofagi zaprojektowane przez Karola Knausa, a ozdobione medalionami portretowymi wykonanymi przez Jana Tombińskiego.
O ile pochówek Wincentego Pola i Lucjana Siemieńskiego odbył się bez wystawnych ceremonii, pogrzeb zmarłego w marcu 1887 roku w Genewie Józefa Ignacego Kraszewskiego był nader uroczysty. Zanim trumna pisarza złożona została 8 kwietnia na Skałce, przewożono ją przez miasto z najwyższą czcią, w obecności wielkich rzeszy rodaków. W kościołach krakowskich odprawiano przy niej żałobne nabożeństwa, przedstawiciele różnych stanów żegnali pisarza, który jak nikt dotąd wywarł ogromny wpływ na kształtowanie świadomości historycznej narodu. W pogrzebie, który stał się olbrzymią manifestacją patriotyczną wzięły udział nieprzeliczone rzesze Polaków z wszystkich zaborów i spoza ziem polskich. Składaniu trumny do krypty towarzyszył głos królewskiego dzwonu – „Zygmunta”. Sarkofag Kraszewskiego zaprojektował Tomasz Pryliński,
a medalion z podobizną artysty według projektu Piotra Kozakiewicza odlał w brązie Franciszek Kopaczyński. Pogrzeb Kraszewskiego na Skałce był pierwszym tak starannie przygotowanym wówczas pochówkiem w Krakowie i nawiązywał do uroczystości żałobnych królów.
Z końcem XIX wieku pochowano w skałecznej krypcie dwóch znanych poetów: Teofila Lenartowicza i Adama Asnyka. Ciało zmarłego we Florencji Teofila Lenartowicza sprowadzono do Krakowa, gdzie podczas uroczystości żałobnych (2 czerwca 1893r.), uświetnionych płomiennymi mowami pożegnalnymi, z udziałem dziesiątków tysięcy rodaków, złożono je w krypcie.
W kościele na Skałce znajdują się wykonane według jego modeli płaskorzeźby w stallach.
Wieść o śmierci Adama Asnyka (2 sierpnia 1897r.) okryła żałobą cały Kraków, w którym mieszkał ten znany i powszechnie szanowany poeta i powstaniec z 1863 roku, członek Powstańczego Rządu Narodowego. Rychło też wiadomość ta dotarła do szerokiej rzeszy Polaków, żyjących we wszystkich zaborach, a 6 sierpnia tłumy ludzi żegnały poetę na ulicach miasta i na Skałce. Oba sarkofagi: Lenartowicza i Asnyka wykonane zostały według projektu Karola Knausa,
z medalionami autorstwa Jana Tombińskiego.
Na początku XX wieku umieszczono na Skałce prochy wybitnego malarza Henryka Siemiradzkiego. Zmarłego w sierpniu 1902 roku malarza pochowano pierwotnie na Powązkach, ale za zgodą jego rodziny, we wrześniu 1903 roku ekshumowane szczątki złożono na Skałce. Pogrzebowi nadano niezwykle uroczysty charakter i oprawę, a w roku następnym zbudowany został sarkofag według projektu Karola Knausa, z marmurowym medalionem, wykonanym przez Stanisława Wójcika.
W kilka lat później 2 grudnia 1907 roku żegnał Kraków artystę najwszechstronniejszego w swoich dziejach, Krakowem w najwyższym stopniu zauroczonego – malarza, poetę, dramaturga – Stanisława Wyspiańskiego. Zgotowano artyście pogrzeb iście królewski żegnany tłumnie przez przedstawiceli wszystkich stanów i z różnych stron ziem polskich, rozdzwoniły się dzwony wszystkich krakowskich kościołów, z wawelskim „Zygmuntem” na czele. Sarkofag Wyspiańskiego, dzieło Jana Rzymkowskiego, został wykonany w 1912 roku.
W dwudziestoleciu międzywojennym skałeczna krypta przyjęła dwóch wielkich artystów. W 1929 roku złożona tu została trumna wybitnego malarza Jacka Malczewskiego, żegnanego przez rzesze ludzi, z udziałem przedstawicieli najwyższych władz państwowych i kościelnych. Sarkofag wykonany według projektu Stanisława Popławskiego pochodzi z 1930 roku.
W 1937 roku sprowadzono z Londynu, najpierw do Warszawy, a następnie do Krakowa ciało wybitnego kompozytora, Karola Szymanowskiego. Artystę pochowano z najwyższymi honorami. W uroczystościach pogrzebowych wzięli udział przedstawiciele władz państwowych i środowisk twórczych, hierarchii kościelnej i nieprzebrane rzesze ludzi. W niespełna rok później wykonano Szymanowskiemu sarkofag według projektu Stefana Strojka.
Po II wojnie światowej pochowano na Skałce dwóch luminarzy: wybitnego artystę sceny polskiej – Ludwika Solskiego i światowej sławy astronoma i matematyka, profesora UJ – Tadeusza Banachiewicza. Solski zmarł w 1954 roku w wieku nieomal stu lat. Już za życia towarzyszyła mu legenda. W niełatwych tamtych latach, przy ogromnej wystawności ceremonii w Teatrze im. Juluisza Słowackiego, nie pozwolono ze względu na katolicki charakter, by orszak przeszedł ulicami miasta. Dopiero w pobliżu Skałki mógł rozwinąć się kondukt, w którym hetmanowi sceny narodowej towarzyszyły w jego ostatniej drodze tysiące osób. Nie z wieży Mariackiej, jeno z tarasu przed kościołem rozległ się hejnał, dopiero w krypcie, a nie w jednym z krakowskich kościołów, jak to poprzednio bywało, odbyły się egzekwie. Sarkofag, w którym spoczęła trumna artysty, wykonano według projektu Fryderyka Totha. Jeśli pogrzebowi Solskiego nie zgodzono się nadać właściwej rangi i ceremoniału, to pochówek w Krypcie Zasłużonych Tadeusza Banachiewicza (1955r.) okryty był poniekąd tajemnicą. Trumnę uczonego, pochowanego w 1954 roku na cmentarzu Rakowickim, ekshumowano, a następnie przewieziono na Skałkę, gdzie w skromnych uroczystościach obok paulinów uczestniczyła zaledwie grupa kolegów i znajomych Profesora. Ostatni pochówek na Skałce miał więc charakter nieomal konspiracyjny. Sarkofag Banachiewicza wykonał krakowski kamieniarz Franciszek Łuczywo, a popiersie jest dziełem Karola Hukana.
Nie pochowano na skałce Jana Matejki ani Karola Huberta Rostworowskiego, czy Adolfa Szyszko-Bohusza, choć tak uczynić zamierzano. Różne powody o tym zadecydowały, umieszczono natomiast w 1989 roku, z inicjatywy prof. Tadeusza Ulewicza, tablicę upamiętniającą wybitnego historyka literatury, prof. Aleksandra Bricknera.